Schmerzen, im Bereich den man allgemein als Magengegend bezeichnet, beruhen nicht immer auf einer Magenerkrankung. Entzündungen der Speiseröhre oder im Zwölffingerdarm können dieselben Symptome hervorrufen. Beide Erkrankungen lassen sich durch eine Magenspiegelung feststellen. Auch akute und chronische Entzündungen der Gallenblase, der Gallenwege und der Bauchspeicheldrüse verursachen Schmerzen in der Magengegend. Diese Erkrankungen sind durch Blut- und Ultraschalluntersuchungen zu erkennen. Vielfach muss ergänzend eine Computertomographie des Oberbauches zugezogen werden. Nahrungsmittelunverträglichkeiten wie die häufige Milchzuckerunverträglichkeit oder Allergien können ebenfalls der Grund für Bauchschmerzen sein – oft aber nicht immer verbunden mit Durchfällen. Unverträglichkeiten sind durch spezielle Atemtests nachweisbar, Nahrungsmittelallergien lassen sich durch Allergietestungen und Ausschlussdiäten identifizieren. Weiter können Erkrankungen des Dickdarms zu Oberbauchschmerzen führen, deshalb ist häufig eine Darmspiegelung notwendig. Auch Erkrankungen der Muskulatur der Bauchwand oder der Rippen und Wirbelsäule können Schmerzen auslösen. Hier muss unter Umständen der Chirurg oder Orthopäde konsultiert werden. Ebenso sind Durchblutungsstörungen im Bauchraum und Veränderungen der Gefäße wie zum Beispiel Erweiterungen der Hauptschlagader zu nennen. Dann kommen spezielle Gefäßultraschalluntersuchungen zum Einsatz. Die Bandbreite der möglichen Ursachen erfordert häufig verschiedenste Untersuchungen, wobei nur selten das gesamte Spektrum der Untersuchungsmethoden ausgeschöpft wird. Die Vorgehensweise richtet sich nach den Beschwerden des Patienten.
Liegt den Oberbauchschmerzen eine Erkrankung des Magens zugrunde, kann das zum einen ein sogenannter Reizmagen sein. Bei dieser Erkrankung lässt sich aber trotz intensiver Forschung kein Grund für die Beschwerden des Patienten festlegen. Es kann sich aber auch um ernsthaftere Erkrankungen handeln, wie eine Gastritis oder Magengeschwüre. Eine Gastritis bedeutet die mehr oder weniger starke Entzündung der Magenschleimhaut. Bei einem Geschwür besteht dagegen bereits ein umschriebener Defekt der Schleimhaut, was schwerere Komplikationen wie Blutungen oder einen zum Glück seltenen Magendurchbruch zur Folge haben kann. Um nun zwischen funktionellen Beschwerden („Reizmagen“) und einer ernsteren Erkrankung unterscheiden zu können, ist die Durchführung einer Magenspiegelung empfehlenswert. Bei einem funktionellen Beschwerdebild genügt eine Behandlung, die sich an den Symptomen orientiert, wie zum Beispiel mit krampflösenden oder entblähenden Medikamenten.
Werden Schleimhautentzündungen oder Geschwüre des Magens oder des - benachbarten - Zwölffingerdarms festgestellt, erfolgt die Behandlung nach den Ursachen. So können manche Medikamente, insbesondere bestimmte Schmerzmittel die Auslöser sein. Auch stärkere Belastungen, wie zum Beispiel Operationen oder starke seelische Anspannungen, können zur Entstehung von Schleimhautentzündungen oder Geschwüren beitragen. Nicht selten ist der Befall der Magenschleimhaut mit dem Bakterium Helicobacter pylori die Ursache für Geschwüre. 90% der Zwölffingerdarmgeschwüre und etwa 75% der Magengeschwüre basieren auf dieser Infektion. Wird der Befall nachgewiesen, muss Antibiotika zusätzlich zu einem Magenmedikament verabreicht werden. Nur so lässt sich das Bakterium nachhaltig aus dem Magen entfernen. Andernfalls ist eine Besserung schwierig, vor allem kann es auch immer wieder zu Rückfällen kommen. Eine langfristige Infektion kann dann mit schweren Schädigungen des Magens und der Bildung von bösartigen Tumoren verbunden sein. Gelingt es, den Keim vollständig aus dem Magen zu entfernen, ist der Patient meist auf Dauer beschwerdefrei. Damit gibt es insgesamt nur noch selten ernste Komplikationen und wegen gutartiger Erkrankungen werden heute auch viel weniger Magenoperationen durchgeführt als noch vor 30 Jahren.